Απαραίτητη προϋπόθεση για την ολοκλήρωση του προγράμματος μεταπτυχιακών σπουδών αποτελεί η εκπόνηση ατομικής διπλωματικής εργασίας, σε θέματα συναφή με το περιεχόμενο του μεταπτυχιακού προγράμματος. Η διπλωματική εργασία αντιστοιχεί σε 30 μονάδες ECTS οι οποίες αντιπροσωπεύουν φόρτο εργασίας ενός εξαμήνου και γίνεται υπό την επίβλεψη τριμελούς επιτροπής στην οποία συμμετέχουν ο επιβλέπων καθηγητής και άλλα δύο μέλη από τους διδάσκοντες του ΠΜΣ.
Η συγγραφή της εργασίας αυτής αποτελεί μία σημαντικότατη πρόκληση για τους φοιτητές να αποδείξουν την ικανότητά τους στη χρήση και εφαρμογή των επιστημονικών γνώσεων, που απέκτησαν κατά την διάρκεια των σπουδών τους, με την καθοδήγηση και έλεγχο επιβλέποντα καθηγητή. Ο επιβλέπων καθηγητής οριοθετεί και ελέγχει την συγκεκριμένη μορφή και φύση της μεταπτυχιακής εργασίας, την οποία και πραγματοποιεί εξ ολοκλήρου ο φοιτητής.